Gli affreschi rappresentano cicli organicamente completi, dipinti nell'arco di tre secoli (dal XIII al XVI sec.). L'importanza maggiore di questi dipinti sta soprattutto nel fatto che a S. Giovanni al Monte troviamo le più antiche testimonianze della pittura in Valsesia e cioè gli affreschi del secolo XIII di arte romanica e quelli di transizione del primo trecento.

Il ciclo duecentesco che raffigura la Madonna in trono fra S. Pietro e S. Giovanni, S. Cristoforo, S. Michele Arcangelo e S. Giacomo di Compostela, è la rappresentazione più antica e riprende i moduli stereotipati della pittura romanica.

Le pitture dell'abside destra, riferibili al primo quarto del trecento, rivelano una qualità pittorica notevole. La Vergine incoronata dal Figlio nella conca dell'abside e i Santi del tamburo, ripetono i toni cari alla tradizione liturgica medioevale